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考成法, 说白了，其实就类似于现代公司里头的绩效考核, 年初官员们把今年各自需要做的事情罗列在折子里呈到京城，就是工作计划, 京城会有专门的人员将这些工作计划记录在册。比如你说去年县里洪水泛滥，今年要修筑堤坝，等到年底检查，好，堤坝没修，处分。处分程度也因你的完成程度而不同，如果大部分完成了, 可能就是降职, 如果完成率很低，那就是革职了。
大明虽然有针对官员考核的京察和外察，可除非是像太祖皇帝那样眼睛里揉不得沙子的人，才能震慑百官, 否则这些考核只是流于形式, 甚至成为排除异己的工具，隆庆六年曾经利用京察清楚高拱余党的张居正当然再明白不过，所以“工作考核”的实施就成了当务之急，只有把那些尸位素餐的官员淘汰掉，提拔一批会做事的人上来，他后面那些改革才能实现。
这是张居正的得意之作，在他之前, 几乎从来没有人明确提出这样一个办法，而且对于那些只会埋头做事，却不会讨好上司的人来说，考成法无异于一件好事。——当然，这种人还是比较少的，所以就算张居正身为首辅，也压不住许多怨声载道的声音。
赵肃也赞同考成法，只不过他旁观者清，却也看到一些其中的不足之处。
首先这里头对官员的工作计划规范并不足够明确，赵肃建议把每一个部门具体的职责分情况罗列出来，再根据各个事项制定具体的奖罚制度。
譬如说一个知府，他今年需要巡视辖下所有县的百姓，再将每个县的情况上报，要主持府试，要征收赋税，要审理若干案件，那么如果他全部完成，甚至超额完成，就能得到丰厚的奖励，包括银两和全国性通报褒奖，其中银两的奖励，则是从其它革职官员的俸禄里扣除，不需要朝廷再出一分钱。
其次，考成法还容易出现一个弊端，那就是由上级下，工作计划的层层积压。如朝廷要求某地今年需要征收多少的税收，巡抚或按察使当然不可能亲自去收，这个任务就交给了下头的人，知府又分派给知县。
以前的税收，没有明确的强制性要求，朝廷担心老百姓负担过重，把赋税一降再降，低得不能再低，但即便这样，也有很多大户中户拖税漏税，官府也乐得清闲，收多收少没所谓，反正自己吃的是公粮，损失的是国家，但是现在不行了，税收得少了，今年“工作计划”没完成，大家都别想好过，所以知县感到压力很大，就把这种压力转嫁给地主们，而地主们当然转嫁给佃户。其结果就是，随着时间的推移，考成法反倒可能失去它原来的优势，成为老百姓的沉重负担。
在几十年后，一个叫黄宗羲的人，曾经总结过一条规律，说历朝历代的所谓赋税改革，每改革一次，老百姓的负担反而要相应地增加。这里头有一个很重要的原因，涉及到考成法的弊端，那就是考成法并没有按照每个地方的实际情况来制定征税标准。无论是颗粒无收还是五谷丰登，全国只有一个统一的征税标准，这就容易造成灾荒之年，下面拿不出一粒粮食，但官员为了保住乌纱帽，还要强迫老百姓交出粮食。
这就是为什么历史上在张居正死后，朝廷废除了考成法的重要原因，像王安石一样，张居正的出发点或许是好的，却忽略了很多实际情况，而其他人只看到坏的一面，不由分说就把这个东西彻底废除。
针对这个情况，赵肃又向内阁和皇帝提出几点建议。
一是考成法所制定的征税标准要按照地区和收成不同来区分，有些地方今年丰收，那就按照实际情况多收一点，有些地方今年洪水淹没了农田，那不仅要降低税收，还得拨款赈灾。
二是为了防止各地官员中饱私囊，出现向下横征暴敛，向上瞒报的情况，定期从朝廷派人到各地暗访抽查，如有发现这种情况的，严惩不贷，以震慑余者。
世上没有一个完美的制度，考成法也一样，但它所涉及的层面，又如此庞大，如果能够很好地推行，不仅吏治卓有成效，国库收入也将大大增加，因此赵肃不希望它的效果只能维持几年，更不希望它被彻底否决。
所以，他竭尽所能在给张居正拾漏补缺，让它起码在这几十年内能够适用，至于几十年后，他也并不担心，到时候文化的开放早已达到一定程度，在他的推波助澜之下，西方科学将会冲击这个古老帝国，届时自然会有有识之士，提出与时俱进的办法。
从这几条建议，都能看出赵肃的用心良苦，朱翊钧那边自然没有异议，张居正也不是不识好歹的人，内阁由此进入几十年来难得一见的和谐时期。张居正刚当上首辅，性格里霸道的一面还不太显露，他又急于在考成法上得到内阁其他人的认可，所以大家纵然在小事上各有异议，大方向上却很有默契地达成一致。
另一方面，朱翊钧也开始从军队下手。
自从戚继光那本《练兵纪要》刊印出来，发放全国军队将领之后，他自己也仔仔细细读了好几遍，直到能把书倒背如流为止，并且要求驻边将领将自己在带兵过程中的心得也写成条陈，上呈御前。
每个武将带兵的经验都不一样，但这里头也不乏对军事一窍不通，纯粹是纸上谈兵的人，东西写上来，是龙是虫，是抄兵书的还是自己体会的，皇帝对照着看，又找来久经沙场的兵部尚书杨博一起研究，也能挖出不少浑水摸鱼的蛀虫。
熟悉军事，了解军事，是为了在战争一起的时候，作为国家的最高统治者，不至于被人欺瞒，两眼一抹黑，很容易闹出笑话，而且身为皇帝，也是军队最高统帅，理应拥有武将的拥戴，但如果你没有本事，就算因为地位的缘故而不得不让人屈服，也终究达不到打动人心，让人心服口服的效果。
从小受赵肃熏陶的朱翊钧很明白这一点，而且身体力行，每天起码要花上两个时辰亲自参与京营禁军的操练，有时甚至亲自下场与将士一起训练比划。为此内阁不少人，包括张居正都强烈反对，认为天子不该和士兵厮混在一起，有失身份，但赵肃独排众议，与兵部尚书杨博一起，支持皇帝这样的行为。
实际上，效果是显著的，由于朱翊钧不怕吃苦和一视同仁，得到了京营中不少将士的拥护，而皇帝通过这样的亲身实践，也想出了不少办法，用来提拔有才能的人，淘汰在军队里混日子的。
为了让皇帝能够更加熟悉地形地貌和战场上的情况，赵肃让工部又做了蓟州和宣大两地的沙盘，而这个时期，在戚继光手下当兵的贺子重，也会经常与朱翊钧书信往来，跟他描述一些实际情况。
当然，要指望贺子重的书法和文笔是不可能的事情，所以皇帝经常会在信中看到不少令人啼笑皆非的别字和病句。
这就又让朱翊钧发现一件可以做的事情：提高军队士兵的文化水平。
在明朝当武将有几种途径，一是进士出身的文官外放，像谭纶。二是世袭武职，像戚继光。三是通过武举授职，一步步升上去，像毛文龙。四是虽然没什么文化水平，但是跟着老大打天下，后来老大成了皇帝，下面的人自然也就鸡犬升天了。
如今第四种情况几乎没有可能，所以明朝武将一般都要识字的，但是对士兵就没有那么多的要求。在这个时代，好铁不打钉，好男不当兵，明朝士兵的地位极其低下，加上国库空虚，常常拿不出军饷发放，一支连吃都吃不饱，也没有任何信仰的军队，怎么能指望他们打赢战？
戚继光之所以百战百胜，就是因为他给了士兵足粮足饷，而且定下严格军纪，这才有了名震天下的戚家军。朱翊钧想改革军队这种恶性循环的现状，就要先从清点军队人数，和发放足额军饷开始。
清点全国军队人数，是为了防止克扣军饷，吃空饷的情况，发放足额军饷，则是让士兵吃饱饭，才有力气打仗。
再然后，就是对五品以上武将进行定期考核，考核内容包括军事知识，对防地的了解，每月的操练规定，并派人实地验收等，以免这些人时日一久，不思进取，敌人一来连打都不用打，就直接逃跑了。
最后则是对普通士兵文化水平的普及，朱翊钧原先的想法是让武将直接给士兵授课，但赵肃又想了一个办法，那就是让那些在考成法中不幸落马的革职官员去教士兵识字，戴罪立功，一年之后考核士兵，如果全部考核通过了，说明这些人教得好，可以考虑让他们重新为官，如果士兵考核没通过，那不好意思，再派个人来，反正朝廷里每年因为工作考核不合格而被罢官的人不知凡几，永远不必担心没有人选。
当然这些事情都是一步步来的，光是清点军队人数这件事情，就进行了大半年，一直到万历二年春天才基本完成，其中还包括淘汰一些老弱病残，或者根本不存在，却在军队里占空饷的名额。
这段时间内，人人忙得脚不沾地，内阁阁老们一天十二个时辰，几乎有十个时辰是在内阁里度过的，有时候困了就直接倒在内阁里间的小屋子里歇会。
为了提高效率，皇帝也索性把办公场所暂时搬到内阁，不看不知道，一看吓一跳，每天待在这里，才发现内阁的环境是多么简陋，一想到赵肃，哦不，是所有阁老每天就在这种环境下办公，朱翊钧二话不说，下令扩充内阁，重新整修。