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毛利侦探事务所中。
“好复杂哦。真的可以将真夜小姐的记忆恢复过来吗？”
小兰给三人递上咖啡，烦恼的问道。
“哎呀。完全没有回复的迹象啊。”
小五郎靠在沙发上抱怨到。
翊斌将桌上两样从医院拿回来真夜的物品放在自己的面前自己的查看到。
一个拼图，以及一张从什么书上撕下来的纸张。
仔细看了下纸张上的内容。
马太福音，第五章，第三节。
而且，纸张空白的页头上也有书写过什么的痕迹。
翊斌用铅笔在有写字印记的地方轻轻的涂抹，然后内容便显现了出来。
9.13，lastsupper（最后的晚餐）
想了一会而之后，翊斌开口对三人说到
“这张纸上面的内容是圣经，而且在页头空白的地方也有书写过的痕迹，从会将圣经撕破这点来看，真夜小姐应该不是教徒。我猜想应该是在记东西的时候，随手记在了圣经上，然后将它撕了下来。”
“而且，这本圣经的纸张质量不错，真夜小姐很可能是住在高档酒店中，然后再打电话的时候随后用圣经记一些东西，然后将有笔记的那页以及后面的一页都给撕了下来。”
翊斌看着手中的纸张推测到。
“我们现在将高档酒店一家家的询问看看。看能不能找到真夜小姐住宿的酒店。”
翊斌用手摸着下巴道。
“对耶，爸爸，那我们就一家一家的调查吧。”
小兰兴奋的说道。
医院门口，四人将真夜小姐从医院接了出来。
然后坐上汽车开始以天桥为中心，对周围的高档酒店，一家一家的前去询问。
经过十多家的寻找，最后终于有一家高档酒店的门童认出了真夜小姐。
“橘真夜小姐两天前住进了我们的酒店里面。”
柜台的工作人员查看了住房记录对小五郎等人说道。
几人连忙走进电梯，前往真夜小姐租住的房间。
不够翊斌看到，一名络腮胡男子躲在柱子后面观察着他们。
来到真夜小姐的房间。果然发现在床头柜上有一本圣经。
打开圣经找到被撕掉的那一页，将从真夜哪里得到的那张圣经一比对，果然是吻合的。
但是在房间中找不到任何能够证明真夜身份的东西。而且在柜台登记的时候，住址和电话都是假的。
真夜的身份不简单啊。翊斌在心中想到。
真夜抓起胸前的吊坠，仿佛想起了什么。然后忽然抱头大叫跑了出去。
随后几人也追着跑了出去。
真夜跑出酒店，就在毛利就要追上真夜的时候。一名络腮胡男子驾驶着一辆红色的小轿车朝他们撞了过来。
小五郎狼狈的多了过去。摔了个狗吃屎。而真夜则身手矫健的一个前滚翻躲了过去。
然后那辆红色小轿车一个急转弯，便迅速的离开。
见到肇事轿车迅速离开，柯南立刻跟了上去。
而翊斌和小兰则跑到小五郎和真夜小姐面前查看他们的情况。
“我知道了，那辆车是冲你来的，真夜。你一定会是因为被人攻击，受到惊吓才失去记忆的。”
被小兰扶起来的小五郎对真夜笃定的说道。
而翊斌则用审视的目光看着真夜。
因为刚才快要被汽车撞到的一瞬间，真夜眼神中流露出来的杀气，不是普通人所能拥有的。
柯南因为追不上汽车，所以希望能从小路追上去。不过最后还是失去了红色小轿车的身影。
不过却看到了马路上发生的车祸，一辆大巴和一辆货车相撞。询问才知道，这是发生在三个小时之前的事情。而且这个车祸发生的地点距离发现真夜的那个天桥非常的近。
柯南又一个猜想。
真夜在酒店前做了大巴，在天桥附近发生车祸，然后收到了惊吓而失去记忆，最后沿着天桥走了过来。应该是这样没错。
而得到这个结论的柯南将真夜以及小五郎带到了车祸现场来。
来到车祸现场的真夜确实也想起了一部分的记忆。不过仅仅只是遭受车祸之后的记忆，之前的记忆依旧无法回忆起来。
正好这时和发生车祸的同一个班次的巴士开了过来。于是五人决定坐上巴士，看看坐上巴士之后，真夜能不能想起自己原先要去的目的地。说不定看到目的地之后，会想起什么也说不定。
但是，一个一个的站台过去了，真夜依旧回想不起来任何记忆。
就在大家打算放弃的时候。真夜看到窗外的圆形建筑。忽然站起来说道。
“就是这里，我本来是要在这里下车的。”
听到这个消息，几人便就此下车，沿着路边走动，希望真夜能回想起新的记忆。
当大家经过一栋还在施工的大厦的时候，忽然从楼顶掉落一个巨大的水泥块，险些砸到大家。
翊斌望着站在楼顶看着他们的男人。目露凶光。
趁人不注意，念力控制一把消音手枪飞到一个阴暗的巷子了，朝屋顶的男人开了一枪。
众人之听到一声轻微的响声，就看到屋顶的男人呢朝后倒去。
看到这个情况，小五郎和柯南立刻朝屋顶跑了过去。
柯南本来是然跟小兰看着真夜的。但是真夜却趁小兰一个不注意一个人跑掉了。
只不过翊斌悄悄的跟在了后面而已。
翊斌跟着真夜来到一个名叫《最后的晚餐》的餐馆。
翊斌打开餐馆的站在门口，看见真夜正拿着一张小五郎的照片以及一些小五郎的资料。
“哦？原来你是杀手小姐啊。橘。真夜！”
发现翊斌的真夜立刻从项链中拉出细细的钢丝，做出了战斗的准备。
“既然如此的话，那就不用留手了。”
真夜忽然看见一把小樱手枪飘在她的面前指着她的脑袋。
“再见了。”
真夜还没有来得及做出任何动作，就感觉自己的额头受到了重击，然后就失去了感觉。
翊斌扔了一张“黑水晶”卡片在真夜的身上。便离开了名叫《最后的晚餐》的这个餐馆。
柯南、小五郎和小兰一起跑到了屋顶，之发现了一名头部中弹的络腮胡男子倒在地上。
去掉络腮胡男子的伪装后，发现就是那名昨天越狱的杀人犯汤田。
而柯南想起了之前那一声轻微的声响，意识到那应该就是装有消音器的枪声。
但是当他会到马路寻找的时候，只在一个小巷子中找到一个九毫米子弹的弹壳。
毛利小五郎通知了警察。目暮警官带人来讲汤田的尸体带走。
警方最后在那间《最后的晚餐》餐馆中找到了真夜的尸体。并确认了其杀手的身份。
发现真夜的实体后，小五郎等人也来到了那间门牌号为7-13，名为《最后的晚餐》的餐馆。
得知真夜杀手身份的柯南，将所有的线索串联了起来。得出了最后的结论。
汤田和真夜早就认识了。而且，真夜就是汤田越狱后，请来杀毛利小五郎的杀手。只不过，他们在暗杀毛利小五郎的时候，自己也成为了神秘杀手“黑水晶”的目标。而且，他们在还没有得手的时候，就被“黑水晶”先一步杀害。
但是。神秘杀手“黑水晶”为什么要杀害他们呢？这一个疑问则一直困扰在柯南的脑海中。